Pravzaprav moraš samo bootloaderju dopovedati kje so tvoji windowsi.
Za to potrebuješ instalacijski CD, kjer zaženeš recovery console.
Podrobnosti:
http://pcsupport.about.com/od/fixthepro ... ootini.htm
Logično particijo pa lahko spremeniš v primary s kakšnim Partition managerjem. Seveda mora ta biti bootable na CDju.
Morda najbolj priročen Hirens BootCD, kjer imaš zapečenih nekaj partition managerjev in je bootable:
http://www.hiren.info/pages/bootcd
Downolad tam kjer dobiš zastonj ....
Ne vem zakaj ti Hirens CD ne bi prepoznal particij, saj so verjetno FAT32.
Morda imaš kaj (pra)starega...
Morda za poskusiti to:
http://www.partitionwizard.com/partitio ... le-cd.html
PS: Jaz raje ne kloniram diskov, ker je nov disk tudi prilika za "pomladansko čiščenje". Zato raje naredim nov install tistega kar potrebujem, star disk pa pritaknem zraven in prekopiram podatke.